Манастир са црквом Успења Пресвете Богородице датира из времена Светог цара Константина (324 – 337) и његове мајке, Свете Јелене (247-327), што показују стари темељи и ранохришћанске гробнице призидане уз западни темељ (сјевернија гробница је уништена, па је при недавној обнови Манастира, 1995. године, на њеном мјесту у мозаику изображен 1. псалам.  У Средњем вијеку Манастир је био познат као Требињски Манастир. По нешто каснијем усменом предању и предању записаном у народној пјесми, Тврдош је био задужбина Светог краља Стефана Уроша II Милутина (1282 – 1321), који је уствари његов други ктитор и који је крајем 13. вијека обновио Манастир. Као Требињски Манастир, Тврдош се помиње око 1400. године, затим 1501. године и надаље врло често. Трећи ктитор Манастира, односно само припрате, био је херцег од Светога Саве Стефан Вукчић Косача (у припрати су сачувани дијелови фресака из тог времена – изгледа два слоја фресака). Темељну обнову 1509. године извршио је митрополит требињски (=хумски, херцеговачки) Висарион II. Од тада подигнуте тробродне цркве са кубетом сачувани су до данас темељи, шест камених стубова. На четири од њих почива купола, а два су у олтару. Сачуван је и трон на Горњем мјесту и умиваоник у олтару, затим дијелови зидова са остацима фресака (које су у 16. вијеку радили дубровачки мајстори Грци и њихов ученик тврдошки калуђер Марко, потом насљедник Висариона, који је оставио опширан запис на тврдошком Октоиху – ниже доносимо његов препис).

Манастир је два вијека – ако не и дуже – био сједиште хумске Епископије, тада назване требињска Митрополија (постоје индиције да је цар Душан, када је Дубровнику под закуп уступио Стон и Пељешац, овдје пренео сједиште хумске Епископије). У турско – млетачком рату, Венецијанци су 1694. године дигли цркву и цио Манастир лагумом барута у ваздух. Конкретно, то је урадио млатачки губернатор Херцег Новога Иван Буровиш, који је намјерно и планирано лагумом уништио Манастир Тврдош, у то вријеме епископско сједиште Херцеговине, по задатку Републике Светог Марка, а са циљем да се затре непоколебиво становништво приморске Србије. Монаси из Тврдоша тада су накратко прешли у свој метох – Манастир Дужи, а онда сишли на море и основали Манастир Савину (запис о томе види се на дверима мале цркве у Савини). Ускоро за овим догађајем, херцеговачки Срби почели су се исељавати у српску жупу Драчевицу, иначе познату средњевијековну српску жупу, која је захватала Херцег Нови и Рисан. Тврдошка црква је дуже времена остала са нахереним кубетом, због чега се у њој није вршило богослужење. Следеће (1695.) године у Боку стиже, са граматом српског патријарха, епископ Исаија Лакетић, из чувеног рода Пода Лакетића. Њега је у Босну послао српски патријарх у време озбиљног погромашког дјеловања которског бискупа Марина Драга. Цркву је тек 1928. године, у вријеме епископа захумско – херцеговачког Јована Илића (потоњег нишког), обновио наш нови задужбинар Никола Руњевац, богати Требињац из Америке, подигавши два мања конака. Остаци манастирских грађевина у Тврдошу (конака, келија, трпезарије, подрума и околног зида) и данас стоје као свједоци славне крстоносне и вјечно живе историје ове тврђаве Православља у старосрпској земљи Травунији, Захумљу, Херцеговини и приморју, гдје су апостоловали Свети Апостоли Павле и Тит, Свети Сава први и Сава други (потоњи архиепископ пећки), Иларије, Свети Данило хумски (потом бањски и архиепископ пећки), Висарион први и други, Свети Василије тврдошки и острошки, а у првој четвртини двадесетог вијека и Свети Петар Зимоњић, нови српски Свештеномученик јадовински.

По разрушењу Манастира крајем 17. вијека, тадашњи митрополит са тврдошким монасима пренио је, како је поменуто, многе духовне и културне драгоцјености из Тврдоша у Манастир Савину, гдје се и данас налазе (и одакле би требало да буду враћене у Тврдош), а свој живот овај Манастир је наставио у недалеком му метоху у Дужима. У Тврдош је донијета из Манастира Дужи (у вријеме хрватске офанзиве из Дубровника на ове просторе, октобра 1992. године) једна света рука, филигрански украшена сребром. Највјероватније је да је то рука Свете краљице Јелене, Милутинове и Драгутинове мајке (као што је иста била у Манастиру, према запису на Октоиху Требињског Манастира), која је у вријеме Милутинове владавине владала од Требиња до Боке Которске. На окову ове руке угравирано је ћириличним рукописним словима: „Присан мајке наше Јоке 1873. Светом оцу Василију под Острог, њени синови Мићо, Гавро Б. Адамовић, златара, приложише трошком и трудом у Сарајеву 1894. јуна.“ На филигранском изгравираном окову на надланици урађен је грб са четири слова  „С“, а у средини крста је један мач, усправно стојећи.