По завршетку последњег рата (1995. године) извршена су археолошка истраживања у манастирској цркви и око ње, под руководством археолога проф. Ђорђа Јанковића из Београда који је радио са групом својих студената и написао о томе стручну књигу. Извађене су кости 19 погребених тијела у храму (осим олтара). Ове кости и лобање (углавном старијих људи чије је поријекло, према оцјени антрополога, вјероватно са Косова) пренесене су у костурницу, обновљену на темељима и непун метар високим остацима зидова старе манастирске зграде у манастирско – сеоском гробљу. Над њом је затим подигнут, трудом Игумана тврдошког Саве Мирића, храм ротонда посвећена свим српским Светитељима. Тврдошки храм је добио нови иконостас са иконама (добрим дијелом прилозима браће Грка) и цио је, осим припрате, фрескописан. Међу фрескама су и ликови Светог владике Николаја, Светог Свештеномученика Петра Зимоњића, Преподобног Јустина Ћелијског, Новомученика Вукашина из Клепаца и Новомученице Милице Ракић, (трогодишњег дјетета из Батајнице код Београда, убијене од безбожног НАТО-а гелерима од граната, којима је недужни српски народ бомбардован током три мјесеца).

Том приликом је стављен следећи натпис над улазним вратима тврдошке цркве: „БЛАГОВОЉЕЊЕМ ОЦА, САДЕЈСТВОМ СИНА И САВРШЕЊЕМ СВЕТОГА  ДУХА обнови се овај Свети Храм Успенија Пресвете Богородице (Тврдош) – утемељен од Светог Цара Константина, обновљен од Светог Краља Милутина и Херцега од Светог Саве Стефана, и опет од Митрополита Требињског Висариона 1508. године, и затим од Николе Руњевца Требињца 1928. године, а сада васпостављен као Епископско сједиште, при Епископу Захумско – Херцеговачком и Приморском Атанасију, и игуману Тврдошком Григорију са братством и Ђацима, уз помоћ и сарадњу вјерног Народа Херцеговине и друге Браће Срба и Јелина, љета господњег 1998. о Слави Светог Храма“. Натпис је исписан у луку изнад мермерне квадратне плоче, копије са Свете Софије у Цариграду, дар љекара Харалампоса Статакиса из Атине. Испод те плоче стоје уклесане ријечи Светог Писма: „ПРЕМУДРОСТ САЗДА СЕБИ ДОМ“.